Levän poistaminen biopolttoaineesta vaatii lähestymistavan, joka sopii levän ominaisuuksiin ja biopolttoaineen koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai eristystekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi biopolttoaineesta.
Hyvin valvotun ja konsentraatioon sekä virtaamaan sovitetun prosessin avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.