Levän poistaminen biopolttoaineesta vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja biopolttoaineen koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi biopolttoaineesta.
Hyvin valvonnan ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.