Levän poistaminen bio-etanolista vaatii lähestymistavan, joka sopii levän ominaisuuksiin ja bio-etanolin koostumukseen.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi bio-etanolista.
Hyvin valvotun prosessin avulla ja säätämällä sitä pitoisuuden ja virtaaman mukaan voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.