Fjernelse af alger fra biobrændstof kræver en tilgang, der tager højde for algernes egenskaber og sammensætningen af biobrændstoffet.
I praksis anvendes ofte et fortrin, efterfulgt af en passende filtrations- eller separationsmetode for effektivt at fjerne alger fra biobrændstoffet.
Ved at overvåge processen nøje og tilpasse den til koncentration og flow, kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.