Filtrering af affald ud af biodiesel kræver en tilgang, der matcher affaldets egenskaber og sammensætningen af biodiesel.
I praksis anvendes ofte et fortrin, efterfulgt af en passende filtrations- eller adskillelsesteknik for effektivt at fjerne affald fra biodiesel.
Ved at overvåge processen nøje og justere den i forhold til koncentration og flow, kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.