Adskillelse af alger fra perkolatvand kræver en tilgang, der tager højde for algernes egenskaber og sammensætningen af perkolatvand.
I praksis anvendes ofte et fortrin, efterfulgt af en passende filtrerings- eller adskillelsesteknik for effektivt at fjerne alger fra perkolatvand.
Ved at overvåge processen nøje og tilpasse den til koncentration og flow, kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.