Levän poistaminen pohjavedestä vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja pohjaveden koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erotustekniikka levän tehokkaaseen poistamiseen pohjavedestä.
Hyvin valvotun prosessin ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.