Levän erottaminen perkolointivedestä vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja perkolointiveden koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi perkolointivedestä.
Hyvin valvonnan ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.