Levän erottaminen bio-etanolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja bio-etanolin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi bio-etanolista.
Hyvin valvomalla prosessia ja säätämällä sitä pitoisuuden ja virtaaman mukaan voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.