Adskillelse af alger fra bioethanol kræver en tilgang, der tager højde for algens egenskaber og sammensætningen af bioethanol.
I praksis anvendes ofte et forløb, efterfulgt af en passende filtrerings- eller adskillelsesteknik for effektivt at fjerne alger fra bioethanol.
Ved at overvåge processen nøje og tilpasse den til koncentration og flow kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.