Filtrering af alger ud af perkolatvand kræver en tilgang, der tager højde for algens egenskaber og sammensætningen af perkolatvandet.
I praksis anvendes ofte en forbehandling efterfulgt af en passende filtrations- eller adskillelsesteknik for effektivt at fjerne alger fra perkolatvand.
Ved at overvåge processen nøje og tilpasse den til koncentration og flow, kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.