Filtrering af alger ud af bio-ethanol kræver en tilgang, der tager højde for algens egenskaber og sammensætningen af bio-ethanol.
I praksis anvendes ofte et fortrin, efterfulgt af en passende filtrations- eller adskillelsesteknik for effektivt at fjerne alger fra bio-ethanol.
Ved at overvåge processen nøje og tilpasse den til koncentration og flow, kan man opnå et stabilt og pålideligt resultat.